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程竞星盯着屏幕上那行margin=0.0913,在椅子上伸了个懒腰。
自己这边干净了。
她拿起手机,给老师回了个‘已跑完,结果正常’。
然后点开通讯录,翻到沈砚池的名字。
昨晚光顾着跑自己团队的参数,沈砚池那边的生物网络数据还没动。
现在自己这边收尾了,该推进那边了。
她给沈砚池发了条消息:
“沈教授,我这边验证完了,现在可以跑您给的第二套和第三套数据。”
“另外第一套的完整结果我整理好了,您看什么时候方便,我给您发过去?”
放下手机,她思索着接下来的安排。
手机震动。
沈砚池回复了:
“不急,第一套完整结果你先整理好,我这两天在开会,周末前发我就行。”
“另外,合作论文的事,你跟陈院士确认过双通讯的安排了吗?”
程竞星回复:“确认过了,陈老师同意双通讯,您主通讯负责生物学部分,他共同通讯负责理论把关,我一作。”
沈砚池:“好,那论文框架你先拟个初稿,等数据跑完再填结果。”
“预备会之前如果能出初步结论,在会上提一句应用前景就行,不需要展开。”
沈砚池:“对了,你那个代码库,知识产权确认是自己的?”
程竞星看着这条消息,嘴角微微一动。
沈砚池问这个问题,跟老师问的是同一个逻辑。
不是质疑,是确认她有没有资格在预备会上展示。
程竞星:“确认,算法框架,工程实现和接口是我自己写的,不占用任何团队资源。”
沈砚池:“那就好,预备会上如果有人问起你的工具来源,你心里有底就行。”
她放下手机,打开文件管理器,把沈砚池第一套数据的完整分析结果整理成一个PDF,保存起来。
做完这一切,她才去吃午饭。
午饭依旧是老周送来的。
这次却不是昨天那家五星级酒店订的饭菜。
桌子上全是高热量的食物,披萨,烤牛肉粒,意式肉酱面,用锡纸包着的战斧牛排。
程竞星伸手过去比了一下,好家伙,这战斧牛排比她手臂还要粗。
除了这些,还有沙拉,甜品和饮品。
这么多东西,两三个人吃也绰绰有余了。
程竞星平时很少出去外面吃饭,她自认口腹之欲不强,此时看着这些食物,闻着空气中烤牛排的香气,直咽口水。
她拿起手机,打开与谢观澜的聊天记录,发了条消息过去。
“今天的午餐盲盒我很喜欢。”
手机刚放下,就弹出谢观澜的回复。
“喜欢就好,那我让老周继续给你送盲盒?”
“那太好了,我很期待。”
回复完,程竞星把手机扣回去,抓起战斧牛排的手柄,张口咬在最嫩的地方上。
半个多小时后,她摸着肚子瘫在椅子上。
这一顿真的是吃得太爽了。
又歇了一会后,感觉肚子没那么撑了,她起身去了机房。
电脑屏幕上,沈砚池第二套数据的结果已经出来了。
第二套的蛋白节点有112个,比第二套的47个多了近三倍。
需要的时间自然也比第一套慢了不少。
单次扫描大约四十秒,六个时间点×三种浓度,十八组数据,全量跑完大概十二分钟。
她拉出热力图,逐组对比。
第一套里那条P-4762P-203的异常强连接,在第二套里依然存在。
三种浓度下都出现了,而且浓度越高,超ε*的幅度越大。
这说明不是噪声,是真实的生物学信号。
但真正让她停下来的是第七组。
T3_C2,第三个时间点,第二种浓度。
热力图上,除了P-4762P-203那条金色边之外,还浮现出了一簇新的连接。
P-88、P-91、P-104三个节点之间形成了一个三角形强连接结构,全部标黄,其中P-8862P-104踩在金色边界线上。
程竞星放大图像,盯着那三个节点看了几秒。
第一套数据里没有这个结构。
第一套只有47个节点,这几个根本不在里面。
也就是说,当蛋白网络规模从47节点扩展到112节点时,新加入的节点之间形成了第一套里不存在的隐性连接模式。
她翻回沈砚池给的蛋白注释表,查这三个编号对应的蛋白名称。
这三个蛋白在数学上形成了一个正反馈回路。
P-88和P-91强耦合,P-91和P-104强耦合,P-104又反过来跟P-88耦合。
三条边构成一个闭环。
在数学上,这种闭环结构一旦耦合强度超过ε,系统会进入周期性振荡状态。
她手指在键盘上停了一下。
如果蛋白相互作用网络在数学上对应一个动力学系统,那这个三角形闭环意味着。
抑制剂本来是要压制ABCB1的,但高浓度下反而触发了内质网应激通路,应激通路又反过来激活了ABCB1的表达,越压越强。
这就是为什么传统方法检测不到‘隐性结构变化’。
因为传统方法看的是两两蛋白之间的单独相互作用强度,看不到三个蛋白构成的闭环动力学。
她的框架把整个网络当作一个算子系统来处理,所以能捕捉到这种全局性的结构共振。
程竞星深吸一口气,继续看后面的。
之后,她把所有结果进行汇总。
十八组数据中,有十四组检测到了超ε*的边或子结构。
除了P-4762P-203那条贯穿始终的之外,还出现了三组不同的多节点闭环结构,分别涉及不同的生物学通路。
最让她在意的是第十八组。
T6_C3,第六个时间点,第三种浓度(最高浓度)。
那组的热力图上,P-8862P-104那条金色边变成了红色。
系统失稳。
不是临界,是失稳。
时间轴上看,从T1到T6,超ε的边越来越多,颜色从黄变金再变红。
随着时间推移和高浓度持续作用,网络的稳定性在持续恶化。
程竞星靠回椅背,盯着那张热力图。
她忽然意识到一件事。
这个数学结构,跟电网里的频率偏移是同构的。
电网里,控制延迟导致有效耦合偏高,多个节点之间形成正反馈,频率越偏越失控。
生物网络里,高浓度抑制剂触发内质网应激,应激通路反过来激活耐药蛋白,耐药蛋白再加剧应激。
也是正反馈,也是多节点闭环,也是随时间推移越来越失控。
底层数学一模一样。
只是物理载体不同。
她打开一个空白文档,开始写备忘录。