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而现在的问题是中都无论是地方官府还是民间都已经穷困至极，要想大规模赈济是不可能的，只有朝廷才有能力能够调动所需要的钱粮来大规模的实施赈济。
这肯定不是朱翊釴立马就能够决定的事情，必须要奏报朱载坖取得圣裁之后才能够施行的，朱翊釴于是命令申时行等人草拟奏疏，向朱载坖奏报有关凤阳的情况，中都凤阳府地处淮河流域，地形复杂，河流湖泊众多，加之复杂多变的气候，极易发生水、旱、蝗等自然灾害，其中尤以水、旱灾为最。而且由于凤阳府土质疏松、地势低洼，在降雨量极大的梅雨季节，凤阳府境内的淮河易溃堤造成洪水泛滥，现在的结果是人口大量逃亡、土地荒芜，给当地百姓造成极大的心理恐慌，不敢再次长久经营，一遇灾荒就举家逃亡。
朱翊釴在奏疏中同时指出：“中都皇业所基，祖陵所在，视他地方不同。”所以要在中都破格赈济，就需要大量的钱粮，先将附近的流民聚集起来，加以赈济，安东民心，然后在恢复生产，兴修水利等事项，逐步恢复凤阳等地方的元气。朱翊钧将奏疏向京师发去之后，对于凤阳的仓储予以检查了。
对于凤阳等地的水利问题，其实之前姚臣倒是做了一些工作的，姚臣也向朱翊釴陈述了自己的看法，他认为：“凤阳、淮安以北地高，宜谷黍，而少塘堰，一遇亢旱则坐观枯稿。淮阳以东地下，宜私稻而少堤好，一遇水涝则任其淹浸。故江北地利不尽，乞敕徐、颖兵备官，督率所属，躬亲相度，随其高下，开浚修筑，使蓄泄得宜，旱涝有备，教民随地播种，一如江南，则无旷土、无惰民，而民食可足。”
而在京师的朱载坖，则在处理有关九边的事情，王崇古、李成梁在收到朱载坖的诏命之后，集中数镇精兵，渡过黄河，对于鄂尔多斯部进行捣巢，但是这次官军所取得的战果并不如人意，李成梁向朱载坖奏报，鄂尔多斯部退却极快，官家渡河之后，只发现了一些小部落，斩首四百余级，现在鄂尔多斯部确实是远离了河套，但是他们说不定之后又会回来的，这是一个极为头疼的问题。
现在大明官军是完全控制了河套地区，但是鄂尔多斯部不愿放弃，往往前来袭扰，使得官军的屯垦工作进展的极为不顺利，所以王崇古向朱载坖上疏，在大青山南麓与黄河之间，修建边堡，控制大青山和阴山山脉，不准鄂尔多斯部南下，同时为了控制沙漠的扩张和蒙古人的南下，要在河套地区植树造林，以阻塞蒙古人的道路，这些朱载坖都予以批准。
除此之外，对于应对蒙古的袭扰，官军祭出了老办法，烧荒，李如松奏请派遣精骑，每秋冬季节，披挂整齐，带上火把，把边界向北50里地方枯黄的草全都给烧了。宽50里，一来一回是100里，正好是骑马一天的路程。以此阻挡蒙古人的南下袭扰，朱载坖也同意了。
不过现在朱载坖的重心是忙于应对隆庆二十年的一应礼仪活动，按照礼部和相关衙门之前所制定的仪注，朝廷已经向各番邦属夷下达了命令，要求他们到京师来朝见朱载坖，参与大明所举行的各项庆典活动。
而在这些庆典活动准备的同时，朱载坖却在准备对土蛮用兵，兵者，诡道也，图们汗肯定认为大明今年要举行一系列的庆祝活动，不可能大规模的对蒙古人用兵，所以会放松警惕，但是朱载坖已经和徐渭、戚继光等人商量过了，以准备庆典为名，明修栈道暗度陈仓，同时进行征讨土蛮部的准备工作。
这次朝廷大军主意是从辽东镇出发，征讨土蛮部，所以提前准备各种后勤物资是最为重要的，所以朱载坖提前一年准备各种物资的调拨囤积，在辽东镇的各处仓库囤积军粮四百五十万石和相当数量的马草、豆料以供军需，同时派遣尖哨摸清楚土蛮各部的情况。
现在对于土蛮部的实力，朝廷来时有所了解了，土蛮由八部组成，号称控弦之士六万，加上一些归附的蒙古人等，保守估计总兵力在八到十万左右，最北边的克什克腾部，已经住牧于外兴安岭附近了，其中比较强大的是奈曼、苏尼特、乌珠穆沁等部，他们住牧于南边，和大明边堡的距离不远。
如奈曼部，由达延汗第八子格鲁博罗特领有。后来，贝玛土谢图次子额森卫征领有了该部。奈曼部的驻牧地位于敖汉部之北，其牧地东南端距义州约有五百里。贝玛土谢图的其余三子耿耿台吉、青岱青和石保赤朝库儿的驻牧地，距离戚家路大定堡、大茂堡约有四百里。苏尼特部的驻牧地在义州正北，距义州的北边墙约有五百里左右的距离。
土蛮部为了防止大明捣巢，刻意和大明保持了一定的距离，客观上增加了官军征讨土蛮的难度，朱载坖在和戚继光等人商量之后，决定采取兵站制度，因为大明本来就要借此机会收复部分奴儿干都司，新设立吉林都司，所以要在从辽东到土蛮部的路上设立兵站，负责转运粮秣物资，后送伤员等事情。
按照朱载坖和戚继光等人商量的结果，要建立基地兵站、野战兵站、食宿兵站和口岸兵站，基地兵站，是在战役后方纵深地带配置的具有较强稳定性的兵站。野战兵站，是设在战役后方浅近纵深，具有机动保障能力的兵站。此外，还有常设的中途食宿兵站和口岸兵站。前者为过往部队和零星人员提供饮食、住宿，通常设置在长途军事交通线上；后者专门负责转运出境、入境军用物资。
同时还要确定官军的攻击出发阵地，规划好一路的后勤补给和物资转运，武功都指挥使司也要勘察地形，确定合适的地点修建各种兵站。